Многие из городских монастырей служили домами престарелых для знатных дам, которые по своей или против своей воли постриглись в монахини и остались в уединении монастырских стен на всю оставшуюся жизнь. Новодевичий женский монастырь считался самым богатым монастырем. Туда уходили многие вдовы и жены царей и их дочери и при этом передавали монастырю все свое богатство. Самой знатной жительницей монастыря была царица Ирина Годунова, которая отправилась в монастырь после смерти мужа царя Федора. К ней присоединился ее брат, боярин Борис Годунов, который оставался там до самой коронации в 1589.

Новодевичий женский монастырь служил домом властной Софии Алексеевне, старшей сводной сестре Петра Первого, которую он заключил туда в 1689 из-за ее нежелания уступить ему трон и вовлек таким образом монастырь в опасную политическую битву. София пребывала в монастыре против собственной воли до смерти в 1704 году. Похожая судьба постигла Евдокию Федоровну Лопухину, первую жену Петра и мать царевича Алексея. Ее отправили в монастырь в 1727 после смерти царя, незадолго до ее собственной смерти. Сестра и жена Петра Первого были похоронены в Смоленском соборе монастыря, а в их резиденции на территории монастыря разрешен вход посетителям.

Новодевичий женский монастырь имеет живую, богатую историю. Он был разрушен в Смутное время, когда польская и шведская армии захватили монастырь в 1612. И хотя он был освобожден не задолго после этого российской армией, под руководством Кузьмы Минина и Принца Пожарского, здание монастыря было восстановлено лишь в конце века в стиле барокко. В тот период был построен храм Спаса Преображения с пятью золотыми куполами на высоких башнях, увенчанных ортодоксальными крестами. Монастырь вновь попал под огонь в 1812 году, когда Наполеон приказал разрушить весь Новодевичий комплекс, и когда он и его войска покидали Москву. Монахини монастыря обнаружили горящие свечи, разбросанные вокруг Церкви Иоанна Крестителя и тлеющий фитиль, ведущий к бочкам с порохом на чердаке Смоленского собора, как раз вовремя, чтобы предотвратить пожар.